Aby byla vaše úroda ve skleníku skutečně dobrá, je třeba věnovat velkou péči kvalitě zeminy, protože dříve nebo později se i ve skleníku půda vyčerpá. Proto je třeba o ní pečovat a pravidelně jí měnit. Ideálním obdobím, kdy se půdě věnovat, jsou podzimní měsíce, což platí hlavně v případě, kdy skleník nevyužíváte během zimy.
V tom, zda je třeba půdu ve skleníku nebo fóliovníku vyměnit každý rok, po dvou letech, nebo ještě později, se zahrádkáři neshodnou. Budete si muset sami vyzkoušet ideální frekvenci, ale obecně platí, že čím intenzivněji skleník využíváte pro pěstování, tím častěji byste měli zeminu v něm vyměnit. Je-li půda hutná a zadržuje stále vláhu, rok to ještě počká, ale pokud začne být podobná prachu, buď zeminu obohaťte kompostem, nebo rovnou vyměňte.
Nemusíte ji obměnit stoprocentně, ale je třeba neměnit jen horní vrstvičku půdy, ale její zásadní část, minimálně 10 centimetrů. Nemusíte vždy kupovat úplně nový substrát, můžete použít i zeminu ze zahrady, ale musí být čistá a bez zbytků rostlin, tedy ideálně přesátá přes síto, které kořínky a další rostlinné části ze substrátu oddělí. Naopak půdu ze skleníku můžete vysypat na venkovní záhony, ale jen v malé vrstvě. Nejlépe je skleníkovou zeminou tu venkovní jen posypat a prorýpat, případně ještě smíchat s kompostem.
Také nová půda ve skleníku potřebuje živiny. Doporučuje se buď zralý kompost, nebo koňský hnůj. Existují samozřejmě i průmyslová hnojiva, ale vybírejte ta, kterou jsou specificky určena pro skleníky. Podzimní měsíce jsou také skvělou dobou pro vydezinfikování zeminy, na což můžete použít třeba octovou vodu, nebo dusíkaté vápno.
Posledním krokem by měl být důkladný úklid skleníku, včetně umytí konstrukce a skel, aby se nám do nové půdy nedostaly třeba zárodky škůdců. K dezinfekci prostoru skleníku slouží například dýmovnice, kterou necháme působit alespoň půl dne. Pak je třeba skleník důkladně vyvětrat.