Stejně jako zahradu, také skleník je potřeba připravit na příchod zimy. Poté, co jsme sklidili poslední úrodu, je nezbytné ze skleníku nejdříve odstranit to, co zbylo po všech pěstovaných rostlinách. Pokud jste měli rostliny napadené nějakým škůdcem nebo chorobami, raději je nedávejte na kompost, ale spalte. Jinak byste si mohli zadělat na nové problémy. Zároveň také musíte důkladně zrýt půdu a pokud jste měli ve skleníku škůdce, raději ji vyměňte. Každopádně je vhodné skleník vydezinfikovat.
Někdo ho dezinfikuje až před novou pěstební sezónou, ale udělat to můžete už na podzim. Dezinfikuje se jak půda dusíkatým vápnem, tak i prostor skleníku buď dýmovnicí nebo sirnou svící. Je třeba také zkontrolovat celou konstrukci skleníku i všechna skla, zda je třeba nepoškodily kroupy nebo vichřice během léta. Poškozený skleník by nemusel přežít zimu ve zdraví. Vyplatí se také promazat panty oken a dveří, případně zástrčky a další mechanické prvky. Když při obhlídce najdete na kovových konstrukcí korozi, taková místa přebruste a natřete.
Máte-li parní čistič, použijte ho na skleněné tabule uvnitř, nebo je umyjte ručně. Zvenku to nemá cenu, do jara by byla stejně zase špinavá. Umýt je třeba také všechny police a stolky, aby na nich nezůstaly zbytky rostlin a půdy. Pokud skleník nevykuřujete, můžete jako alternativu použít roztok manganistanu draselného. Z několika zrníček si vytvoříte růžový roztok, kterým je možné ošetřit půdu a za pomoci rozprašovače také skla a konstrukci skleníku. Samozřejmě, manganistan se může použít je ve chvíli, kdy ve skleníku nic nepěstujete, proto je podzim ideální dobou. Pozor! Je-li váš skleník z polykarbonátu, vyhněte se raději chemikáliím. Na očištění používejte jen mýdlovou vodu, nebo vodu s octem.
I když dusíkaté vápno dodá půdě minerály, je vhodné ji před zimou také pohnojit, ideálně vyzrálým kompostem. V takovém případě ale už nehnojte na jaře. Během zimy je třeba dát pozor na těžký mokrý sníh. Pokud napadne ve větší vrstvě, určitě ho ze skleníku odstraňte, jinak by nemusel zátěž vydržet.