Vyšší teplota a vlhkost a také menší cirkulace vzduchu ve skleníku tvoří ideální podmínky pro vznik plísní. Ty se navíc v relativně uzavřeném prostoru mohou poměrně rychle množit. Můžeme se snažit plísním vyhnout důkladnou přípravou skleníku, ale ne vždy to stačí. Ale i s již existující plísní se dá ve skleníku bojovat.
Prvním krokem by měl být důkladný úklid na podzim a znova i na jaře. Nikdy si nenechávejte rostliny, které byly nějakou plísní napadeny, ani na zetlení v substrátu. Raději se takových zbytků důkladně zbavte a půdu ve skleníku důkladně prokypřete. Pokud skleník používáte nejen na sezónu, ale pěstujete v něm rostliny celoročně, je vhodné jednou za čas celou půdu kompletně vyměnit. Půdu je vhodné na podzim také vydezinfikovat. Na to existují jak specializované prostředky, tak i v domácnostech běžně dostupný manganistan draselný. Sytě růžový roztok slouží nejen k zalití půdy, ale také omytí skel a dalších ploch skleníku, kde by se mohly spory plísní vyskytovat. Pozor, to neplatí, pokud skleník používáte celoročně. V takovém případě manganistan nepoužívejte.
V obou případech je třeba skleník důkladně větrat, a to kdykoli, kdy nám to venkovní teplota dovolí. Existují i pomocníci, kteří umí automatické otevírání oken v závislosti na venkovní teplotě naprogramovat. Abyste se skutečně zbavily všech zárodků plísní, je třeba vytvořit podmínky pro vhodnou cirkulaci vzduchu. Jedno okno, nebo otevřené dveře určitě stačit nebudou. Je také vhodné správně rostliny zalévat, aby vlhkost ve skleníku nebyla zbytečně vysoká.
K likvidaci plísní se dnes už nepoužívají jen chemické přípravky, ale i výrobky na biologické bázi. Někteří pěstitelé používají také tzv. vykuřování skleníku, například za pomoci sirné svíce, knotu nebo speciální dýmovnice.
