Specifické prostředí skleníku má své výhody, ale také nevýhody. Ani tam se nevyhneme škůdcům, ale boj proti nim nám může skleník komplikovat.
Většina chemických přípravků totiž postihne nejen škůdce samotného, ale i další hmyz včetně jeho přirozených nepřátel. Navíc je řada druhů proti chemii už dost odolná. Alternativou tak mohou být ekologické postřiky, případně biologické metody, tedy cílené nasazení predátorů, kteří škůdce zlikvidují. Nejčastějšími škůdci rostlin ve sklenících jsou mšice, svilušky, molice, ale také slimáci. Významnou prevencí škůdců jsou také tzv. hmyzí hotely. Ten svůj můžete umístit třeba poblíž skleníku, aby se otevřenými okny dostal i dovnitř. Existují i specializované lepivé destičky v různých barvách podle druhu škůdce.
Mšice
je polokřídlý hmyz, který na rostlinách uvidíme pouhým okem, ale jeho přítomnost signalizují už z dálky zkroucené listy, z nichž mšice vysály šťávu. Nejčastěji je sice najdeme bez křídel, ale když se přemnoží, začnou se líhnout i jedinci s křídly, aby se mohli přesunout na další rostlinu. Bojovat se proti nim dá insekticidy, a to jak průmyslově vyrobenými, tak i doma připravenými (například nálevy z tabáku, česneku, nebo některých bylinek). Mšice milují i některé druhy hmyzu, například larvy slunéčka sedmitečného a vosiček nebo škvoři.
Svilušky
patří k roztočům. Kladou vajíčka tak malá, že je bez lupy neuvidíte. Proto svilušky najdete hlavně podle žloutnutí listů, které také opadávají a bělavá „pavučina“ na rostlinách. Protože svilušky mají rády teplo a sucho, dá se proti nim bojovat vodou. Postižené rostliny pravidelně zalévejte ve formě mlžení, aby se voda dostala na celou rostlinu. Když to nepomůže, aplikujte chemický postřik.
Molice
jsou křídlatý hmyz a stejně jako mšice se živí šťávou z rostlin. Navíc zanechávají na listech výměšky. Do skleníku si je můžeme zanést s plevelem. Těla dospělých jedinců jsou chráněna voskovými výpotky, které odolají i některým chemickým přípravkům. Použijte proto prostředky speciálně určené na boj proti molicím. I do skleníku se mohou dostat slimáci, případně hlemýždi. Postup je stejný jako na záhoně, nejčastěji tedy vhodný chemický postřik.