I když půdu ve skleníku pečlivě ošetřujete a před sezónou ji měníte, pokud chcete dobrou úrodu, musíte rostlinám dopřát vhodnou výživu. Někteří zahrádkáři substrát důkladně prohnojí na jaře, případně už na podzim, jiní preferují přihnojovat jednotlivé rostliny průběžně dle potřeby. Záleží samozřejmě také na tom, jaké rostliny pěstujete, zda máte skleník bez vytápění, temperovaný nebo vyhřívaný, jak dlouhá je pěstební sezóna ve vašem skleníku…
Při hnojení ve skleníku berte v úvahu, že půda ve skleníku není běžný záhon na zahradě. Stačí vám tedy menší množství hnojiva než venku. Pokud necháváte skleník v zimě odpočinout, je lepší si zeminu připravit už po sklizení poslední úrody na podzim. Můžete promíchat zeminu s poslední posekanou trávou či jinými zbytky rostlin ze zahrady. Během zimy se budou postupně rozkládat, přitom se bude zemina obohacovat o sloučeniny dusíku. Místo trávy či listí můžete zeminu pro míchat také s kompostem. V takovém případě to můžete udělat i na jaře.
Také při hnojení klasickým hnojem záleží na tom, kdy hnojíte. Různé druhy hnoje se totiž rozkládají v půdě různě rychle. Když budete hnůj aplikovat do skleníku na podzim, sáhněte pro zralé chlévské mrvě. V jarních měsících už ale můžete použít jen koňský hnůj, který na své rozložení potřebuje výrazně kratší dobu. Pozor ale na to, že v koňském hnoji je více dusíku. Někdo používá také slepičí trus, kde je obsah dusíku ještě vyšší. A to se nelíbí všem rostlinám. Přihnojovat lze ale hnojivy s obsahem vápníku.
Průběžné přihnojování nahrává těm, kteří se snaží dát každému druhu zeleniny či jiných rostlin právě to, co nejvíc potřebuje. Pokud si nejste jisti, poraďte se v zahrádkářských potřebách, jaké hnojivo se hodí k čemu. Hnojiva mohou mít formu granulátu, která ze sebe po dobu několika týdnů až měsíců postupně uvolňují výživné látky. Ale hnojiva ve formě roztoků aplikujte ve skleníku velmi opatrně. Nezapomeňte, že teplotně se skleník chová jinak než venkovní záhon. Když hnojící roztok zůstane na listech při slunečním svitu, může to rostliny poškodit. Lépe je proto aplikovat tekutá hnojiva večer, případně ve dnech, kdy je zataženo.